Экспертный центр является консультационным органом и его решения носят рекомендательный характер, создан с целью обсуждения вопросов развития и совершенствования методологического обеспечения деятельности КСП Москвы.
Основные направления деятельности экспертного центра: экспертное содействие в организации и осуществлении внешнего государственного и муниципального финансового контроля; участие в разработке предложений, рекомендаций в области совершенствования методологического обеспечения деятельности КСП Москвы; участие представителей экспертного центра в работе Коллегии КСП Москвы; участие представителей экспертного центра в работе Методологического совета КСП Москвы.